公司应该与员工进行沟通，了解他们迟到的具体情况和原因，如果员工经常迟到是因为交通堵塞、家庭事务或其他不可抗力因素导致的，公司可以考虑给予一定的宽容和谅解，如果员工经常迟到是因为个人习惯或疏忽导致的，公司应该与员工进行深入的交流，帮助他们认识到这个问题的重要性，并制定相应的改进措施。
公司应该制定更加严格的管理制度，明确迟到的处罚标准和处罚方式，对于经常迟到的员工，公司可以考虑扣除一定的工资或奖金，甚至可以考虑终止劳动合同，公司应该加强考勤管理，确保员工按时上下班，并建立相应的监督机制，确保制度的执行和落实。
公司应该关注员工的心理健康和职业发展，为员工提供必要的支持和帮助，公司可以组织一些培训和职业发展活动，帮助员工提高职业技能和工作效率，减少迟到的可能性，公司也可以为员工提供一些福利待遇和关怀措施，增强员工的归属感和忠诚度。
员工一年内因迟到被扣20万元工资是一个严重的问题，公司应该采取适当的措施来解决这个问题，通过与员工进行沟通、制定更加严格的管理制度和关注员工的职业发展，公司可以维护员工的权益和公司的利益。